2024年3月15日发(作者：)

文章应用KEGG进行跨物种转录组比较

的生物信息方法

在应用KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）进行跨物种转录组

比较时，可以采用以下生物信息方法：

1. 基因注释：使用合适的工具对转录组数据进行基因注释，将基因ID映射到KEGG

数据库中的代谢通路和功能注释信息上。常用的注释工具包括BLAST、DIAMOND、

RapSearch等。注释结果会获得相关基因在KEGG通路中的参与情况。

2. 差异基因分析：使用差异表达分析工具（如DESeq2、edgeR、limma等）对不

同物种的转录组数据进行比较，识别出在不同物种间表达差异显著的基因。选择

差异表达基因集合后，将其映射到KEGG数据库中，观察差异表达基因在通路中的

分布情况。

3. KEGG通路富集分析：利用富集分析工具（如KOBAS、clusterProfiler）对差

异表达基因集进行KEGG通路的富集分析，以探索在不同物种中显著富集的通路。

通过这种方式可以比较不同物种在功能通路水平上的差异，找出与物种适应性、

代谢特性等相关的通路。

4. 定量基因集比较：基于KEGG数据库中的基因集信息，可以对转录组数据进行

基于基因集的比较。通过计算基因集的富集程度，比较不同物种之间的基因集表

达差异。这种方法可以提供更全面和系统的比较结果，揭示不同物种间在功能层

面的差异。

5. 可视化和解释：根据分析结果可以可视化不同物种间的基因表达差异和功能富

集情况。KEGG提供了Web-based可视化工具，如KEGG Mapper和KEGGview等，可

用于绘制转录组数据和通路信息的直观图形，帮助解释和解读比较结果。

需要注意的是，在使用KEGG进行跨物种转录组比较时，选择合适的比较类别和物

种作为比较组，并考虑到物种间的真实生物学差异。同时，结合其他生物信息分

析方法和实验验证，进一步深入解析转录组的功能差异和生物学意义。