I'm attempting to manually mod old minecraft versions by using fernflower to turn their class files in their JARs to java files and then utilisizing a obfuscation table on my other monitor to edit the code. I know there are other ways to do this but this is the path I've chosen. Anyways, I've decompiled the JAR and wrote my code, now I want to recompile to JAR so I can try launching the code. When I look up "How to create a JAR" Everything talks about compiling from class files but as I've said I'm currently dealing with java files. I'm not quite sure what the entry point is and there's no build script.

I followed steps from this post to decompile: How to extract the source code from a *.jar file on a Mac?

Someone suggested that it's a simple case of compiling all the java files but the problem I fot to mention is that these JARs are obfuscated and fernflower of course doesn't change the variable names when it decompiles. A lot of the obfuscated names are illegal names to the java compiler so I'm unable to compile the java files.

Since there're no error code I'm not sure what else to show but here's the filetree:

.
├── a.java
├── aa.java
├── ab.java
├── ac.java
├── achievement
│   ├── bg.png
│   ├── icons.png
│   └── map.txt
├── ad.java
├── ae.java
├── af.java
├── ag.java
├── ah.java
├── ai.java
├── aj.java
├── ak.java
├── al.java
├── am.java
├── an.java
├── ao.java
├── ap.java
├── aq.java
├── ar.java
├── armor
│   ├── chain_1.png
│   ├── chain_2.png
│   ├── cloth_1.png
│   ├── cloth_2.png
│   ├── diamond_1.png
│   ├── diamond_2.png
│   ├── gold_1.png
│   ├── gold_2.png
│   ├── iron_1.png
│   ├── iron_2.png
│   └── power.png
├── art
│   └── kz.png
├── as.java
├── at.java
├── au.java
├── av.java
├── aw.java
├── ax.java
├── ay.java
├── az.java
├── b.java
├── ba.java
├── bb.java
├── bc.java
├── bd.java
├── be.java
├── bf.java
├── bg.java
├── bh.java
├── bi.java
├── bj.java
├── bk.java
├── bl.java
├── bm.java
├── bn.java
├── bo.java
├── bp.java
├── bq.java
├── br.java
├── bs.java
├── bt.java
├── bu.java
├── bv.java
├── bw.java
├── bx.java
├── by.java
├── bz.java
├── c.java
├── ca.java
├── cb.java
├── cc.java
├── cd.java
├── ce.java
├── cf.java
├── cg.java
├── ch.java
├── ci.java
├── cj.java
├── ck.java
├── cl.java
├── cm.java
├── cn.java
├── co.java
├── com
│   └── jcraft
│       ├── jogg
│       │   ├── Buffer.java
│       │   ├── Packet.java
│       │   ├── Page.java
│       │   ├── StreamState.java
│       │   └── SyncState.java
│       └── jorbis
│           ├── Block.java
│           ├── CodeBook$DecodeAux.java
│           ├── CodeBook.java
│           ├── Comment.java
│           ├── Drft.java
│           ├── DspState.java
│           ├── Floor0$EchstateFloor0.java
│           ├── Floor0$InfoFloor0.java
│           ├── Floor0$LookFloor0.java
│           ├── Floor0.java
│           ├── Floor1$EchstateFloor1.java
│           ├── Floor1$InfoFloor1.java
│           ├── Floor1$LookFloor1.java
│           ├── Floor1$Lsfit_acc.java
│           ├── Floor1.java
│           ├── FuncFloor.java
│           ├── FuncMapping.java
│           ├── FuncResidue.java
│           ├── FuncTime.java
│           ├── Info.java
│           ├── InfoMode.java
│           ├── Lookup.java
│           ├── Lpc.java
│           ├── Lsp.java
│           ├── Mapping0$InfoMapping0.java
│           ├── Mapping0$LookMapping0.java
│           ├── Mapping0.java
│           ├── Mdct.java
│           ├── PsyInfo.java
│           ├── PsyLook.java
│           ├── Residue0$InfoResidue0.java
│           ├── Residue0$LookResidue0.java
│           ├── Residue0.java
│           ├── Residue1.java
│           ├── Residue2.java
│           ├── StaticCodeBook.java
│           ├── Time0.java
│           └── Util.java
├── cp.java
├── cq.java
├── cr.java
├── cs.java
├── ct.java
├── cu.java
├── cv.java
├── cw.java
├── cx.java
├── cy.java
├── cz.java
├── d.java
├── da.java
├── db.java
├── dc.java
├── dd.java
├── de.java
├── df.java
├── dg.java
├── dh.java
├── di.java
├── dj.java
├── dk.java
├── dl.java
├── dm.java
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├── do.java
├── dp.java
├── dq.java
├── dr.java
├── ds.java
├── dt.java
├── du.java
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├── dx.java
├── dy.java
├── dz.java
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├── eb.java
├── ec.java
├── ed.java
├── ee.java
├── ef.java
├── eg.java
├── eh.java
├── ei.java
├── ej.java
├── ek.java
├── el.java
├── em.java
├── en.java
├── environment
│   ├── clouds.png
│   ├── rain.png
│   └── snow.png
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├── eq.java
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├── es.java
├── et.java
├── eu.java
├── ev.java
├── ew.java
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├── ey.java
├── ez.java
├── f.java
├── fa.java
├── fb.java
├── fc.java
├── fd.java
├── fe.java
├── ff.java
├── fg.java
├── fh.java
├── fi.java
├── fj.java
├── fk.java
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├── fm.java
├── fn.java
├── fo.java
├── font
│   └── default.png
├── font.txt
├── fp.java
├── fq.java
├── fr.java
├── fs.java
├── ft.java
├── fu.java
├── fv.java
├── fw.java
├── fx.java
├── fy.java
├── fz.java
├── g.java
├── ga.java
├── gb.java
├── gc.java
├── gd.java
├── ge.java
├── gf.java
├── gg.java
├── gh.java
├── gi.java
├── gj.java
├── gk.java
├── gl.java
├── gm.java
├── gn.java
├── go.java
├── gp.java
├── gq.java
├── gr.java
├── gs.java
├── gt.java
├── gu.java
├── gui
│   ├── background.png
│   ├── container.png
│   ├── crafting.png
│   ├── furnace.png
│   ├── gui.png
│   ├── icons.png
│   ├── inventory.png
│   ├── items.png
│   ├── logo.png
│   ├── particles.png
│   ├── slot.png
│   ├── trap.png
│   └── unknown_pack.png
├── gv.java
├── gw.java
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├── h.java
├── ha.java
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├── hg.java
├── hh.java
├── hi.java
├── hj.java
├── hk.java
├── hl.java
├── hm.java
├── hn.java
├── ho.java
├── hp.java
├── hq.java
├── hr.java
├── hs.java
├── ht.java
├── hu.java
├── hv.java
├── hw.java
├── hx.java
├── hy.java
├── hz.java
├── i.java
├── ia.java
├── ib.java
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├── ie.java
├── if.java
├── ig.java
├── ih.java
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├── ik.java
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├── ip.java
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├── ir.java
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├── item
│   ├── arrows.png
│   ├── boat.png
│   ├── cart.png
│   ├── door.png
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├── kk.java
├── kl.java
├── km.java
├── kn.java
├── ko.java
├── kp.java
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├── kt.java
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│   ├── en_US.lang
│   └── stats_US.lang
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│   ├── footprint.png
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│   ├── water.png
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├── mj.java
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│   ├── wolf.png
│   ├── wolf_angry.png
│   ├── wolf_tame.png
│   └── zombie.png
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│   └── minecraft
│       ├── client
│       │   ├── Minecraft.java
│       │   └── MinecraftApplet.java
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│           └── IsomPreviewApplet.java
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│       ├── MidiChannel.java
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│       ├── SimpleThread.java
│       ├── SoundBuffer.java
│       ├── SoundSystem.java
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│       ├── SoundSystemLogger.java
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│       ├── Vector3D.java
│       ├── codecs
│       │   ├── CodecJOrbis.java
│       │   └── CodecWav.java
│       └── libraries
│           ├── ChannelLWJGLOpenAL.java
│           ├── LibraryLWJGLOpenAL.java
│           └── SourceLWJGLOpenAL.java
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