2024年4月18日发(作者：进入qq空间)

生物信息学网站

分子生物学数据库综合目录

1。 ＳRＳ序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器)

2、 分子生物学数据库及服务器概览

3. BioＭedNeｔ图书馆

4。 DBGET数据库链接

5、 哈佛基因组研究数据库与精选服务器

6. 约翰。 霍普金斯大学(Jｏhｎs Hopkｉns Unｉｖeｒsｉtｙ) OWL网络服器

7. 生物网络服务器索引,ＵＳＣS

8。 分子生物学数据库列表(LiMＢ) gｏpheｒ://gopher、nｉh、goｖ/11/molｂio

／ｏthｅr

9。 病毒学得WWＷ服务器,UＷ—Madison

1０。 UK ＭRC 人类基组图谱计划研究中心

11。 生物学家与生物化学家得资源

12。 其她生物网络服务器得链接

13. 分子模型服务器与数据库

14、 EMBO实际结构数据库

１5。 蛋白质科学家得网络资源

1６、 ＥxPAＳy分子生物学服务器

1７。 抗体研究网页

18. 生物信息网址

19、 乔治。梅森大学(Geｏｒge Mason Uｎiｖersiｔｙ)得生物信息学与计算分子生

物学专业

20. IＮFOBIＯＧEN数据库目录

2１. 国家生物技术信息研究室

22。 人类基因组计划情报

23、 生物学软件及数据库档案

2４. 蛋白质组研究:功能基因组学得新前沿(著作目录)

序列与结构数据库

一、 主要得公共序列数据库

1。 EMBL 服务器

２。 Gｅnbａnk 数据库查询形式(得到Ｇenbａnk得一个记录)

３、 蛋白质结构数据库服务器(得到一PDB结构)

4。 欧洲生物信息学研究中心(EBI)

5。 EBＩ产业支持

6、 SＷISＳ－PＲOT(蛋白质序列库)

7. 大分子结构数据库

8。 Moleｃuｌes R Uｓ(搜索及观察一蛋白质分子)

9. PIＲ国际蛋白质序列数据库

1０。 SＣOP(蛋白质得结构分类),MRC

1１. 洛斯阿拉莫斯得HIV分子免疫数据库

１2. TＩＧR数据库

13、 NCBI 浏览器

１４、 剑桥结构数据库(小分子有机得及有机金属得结晶结构)

1５。 基因本体论坛

二。 专业数据库

1. AＮU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒得命名法)

2、 Ｏ—GLＹCBAＳＥ(Ｏ联糖基化蛋白质得修订数据库)

3。 基因组序列数据序(GＳDB)(已注释得ＤNA序列得关系数据序)

４、 ＥＢI蛋白质拓扑图

5. 酶及新陈代谢途径数据库(EMP)

6. 大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12得DNA序列汇编)

7、 ＥｃoＣyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢得百科全书)

８. Eddy实验室得snoRNＡ数据库

9。 GｅｎｐroＥc(大肠杆菌基因及蛋白质)

10。 NRＳub(枯草芽胞杆菌得非冗余数据库)

11。 ＹPD(酿酒酵母蛋白质)

１2. 酵母基因组数据库

１3。 ＬISＴA、LIＳTＡ-HOP及LＩSTA—HON(酵母同源数据库汇编)

１4、 MPDB(分子探针数据库)

1５。 tRNA序列及ｔＲNA基因序列汇编

１6。 贝勒医学院(Baylor Colｌegｅ oｆ Meｄicine)得小RＮA数据库

17。 SRＰDB(信号识别粒子数据库)

18、 RDP(核糖体数据库计划)

１9。 小核糖体亚蛋白RNA结构

20。 大核糖体亚蛋白RNA结构

２１。 RＮA修饰数据库

22、 １６ＳMＤB及２3SMDＢ(16S与23S核糖体RNＡ突变数据库)

２3、 SWIＳS—2DＰAGE(二维凝胶电泳数据库)

24、 PＲINＴS

2５。 KabａｔＭaｎ(抗体结构及序列信息数据库)

26。 AＬIGN(蛋白质序列比对一览)

27。 CＡTH(蛋白质结构分类系统)

28。 ＰｒoＤom(蛋白质域数据库)

2９。 Bloｃks数据库(蛋白质分类系统)

30。 HＳSＰ(按同源性导出得蛋白质二级结构数据库)

31、 FＳSP(基于结构比对得蛋白质折叠分类)

３2。 SBASＥ蛋白质域(已注释得蛋白质序列片断)

３3。 TransTerm(翻译控制信号数据库)

3４。 ＧRＢase(参与基因调控得蛋白质得相关信息数据库)

35。 RＥＢＡSＥ(限制性内切酶与甲基化酶数据库)

３6、 RNasｅP数据库

3７、 REGＵLＯNDB(大肠杆菌转录调控数据库)

38、 ＴRＡＮＳFAC(转录因子及其DＮＡ结合位点数据库)

３9、 MＨCＰEP(MHC结合肽数据库)

4０. ＡTCC(美国菌种保藏中心)

４1。 高度保守得核蛋白序列得组蛋白序列数据库

42. 3Dee(蛋白质结构域定义数据库)

43。 IｎterPｒo(蛋白质域以及功能位点得完整资源)

序列相似性搜索

1。 ＥBI序列相似性研究网页

2、 ＮCBI: BLＡST注释

3. ＥMBL得BLＩTZ ULＴRA快速搜索

4. EMBL WWＷ服务器

５。 蛋白质或核苷酸得模式浏览

６、 MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究)

7。 CorｅＳearｃｈ(DNA序列保守元件得识别)

８。 PRIＮＴS／PROＳIT浏览(搜索mｏｔiｆ数据库)

9. 苏黎世ETH服务器得DAＲＷIＮ系统

10、 利用动态规划找出序列相似性得Pｉma II

１1。 利用与模式库进行哈希码(ｈasｈcｏde)比较找到序列相似性得DashＰat

１2。 PROPSＥARCH(基于氨基酸组成得搜索)

１3、 序列搜索协议(集成模式搜索)

14。 ProtoMap(ＳＥIＳS-PＲＯＴ中所有蛋白质得自动层次分类)

１5、 GenQｕest(利用Ｆasta、Blast、Smiｔｈ－Waterman方法在任意数据库中搜

索)

16. SSeａrch(对特定数据库得搜索)

17、 Ｐｅｅr Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索)

18. PROSITE数据库搜索(搜索序列得功能位点)

19。 PROWＬ(Skirbａｌｌ研究中心得蛋白质信息检索)

序列与结构得两两比对

１。 蛋白质两两比对(SＩM)

2、 LALＮVIEW比对可视化观察程序

3。 BCM搜索装置(两两序列比对)

4。 ＤＡLＩ蛋白质三维结构比较

５。 ＤIALIGN(无间隙罚分得比对程序)

多重序列比对及系统进行树

１、 ＣlustalＷ(ＢCM得多重序列比对)

2。 ＰＨYLIP(推测系统进行树得程序)

3、 其它系统进行树程序,PHＹLIＰ文档得汇编

4. 系统进行树分析程序(生命树列表)

5。 遗传分类学软件(Wilｌｉ henniｇ协会提供得列表)

6、 用于多重序列比对得BCM搜索装置

7。 AMAS(分析多重序列比对中得序列)

8。 维也纳RNA二级结构软件包

四. 有代表性得预测服务器

1。 PHD蛋白质预测服务器,用于二级结构、水溶性以及跨膜片断得预测

２、 PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类)

３. ＰSIprｅd(蛋白质结构预测服务器)

４、 THREADER(戴维。 琼斯)

5. TMHMM(跨膜螺旋蛋白得预测)

６、 蛋白质结构分析, BMEＲC

7。 蛋白质域与折叠预测得提交表

8。 NNSＳP(利用最近相邻法预测蛋白质得二级结构)

9、 Swｉｓs—Ｍodeｌ(基于知识得蛋白质自动同源建模服务器)

10。 SSPRＥD(用多重序列比对进行二级结构预测)

１1、 法国IBＣP得ＳOPM(自寻优化预测方法、二级结构)

12、 TMAP(蛋白质跨膜片断得预测服务)

13、 TMｐｒed(跨膜区域与方向得预测)

14. MultPｒｅdｉct(多重序列比对得序列得二级结构)

15、 BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测)

16。 COILS(蛋白质得卷曲螺旋区域预测)

17。 Cｏiled Cｏils(卷曲螺旋)

18. Ｐaircoil(氨基酸序列中得卷曲螺旋定位)

１9。 PＲEDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构)

20、 ＥVA(蛋白质结构预测服务器得自动评估)

五、 其她预测服务器

1、 SiｇnalP (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌与真核生物蛋白质得信号肽及剪切

位点)

２、 ＰEDＡＮT(蛋白质提取、描述及分析工具)

六。 分子生物学软件链接

1. 生物信息学可视化工具

2。 EBI分子生物学软件档案

３。 BiｏCataｌog

4。 生物学软件与数据库档案

５。 ＵC Santa Cruz得序列保守性ＨMM得SAＭ软件

七。 网上博士课程

1、 生物计算课程资源列表:课程大纲

2、 生物序列分析与蛋白质建模得Pｈ、Ｄ课程

3、 分子科学虚拟学校

4。 ＥMBnｅt 生物计算指南

５。 蛋白质结构得合作课程

6。 自然科学ＧNA虚拟学校

7。 分子生物学算法