2024年4月4日发(作者：)

目录

1

2

序列信息提取 .................................................................................................................................................................................................. 2

Gene Ontology （GO）功能注释 ............................................................................................................................................................ 2

2.1

2.2

2.3

2.4

2.5

2.6

3

4

序列比对（BLAST） ............................................................................................................................................................................ 2

GO功能条目提取（Mapping） ...................................................................................................................................................... 2

功能注释（Annotation） .................................................................................................................................................................. 3

补充注释（Annotation augmentation） .................................................................................................................................... 3

GO功能注释统计 ................................................................................................................................................................................. 3

GO Slim注释与统计 ........................................................................................................................................................................... 4

KEGG通路注释............................................................................................................................................................................................... 5

蛋白质相互作用网络分析.............................................................................................................................................................................. 6

References ................................................................................................................................................................................................................ 8

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1 序列信息提取

原始数据中质谱鉴定成功的蛋白质共计695个，序列信息批量提取自UniProtKB数据库，以FASTA格式保存

（）。

2 Gene Ontology （GO）功能注释

基因本体 (Gene Ontology) 是一个标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准化词汇表，并以此从三个方面描述

生物体中基因和基因产物的属性：参与的生物过程 (Biological Process)，分子功能 (Molecular Function) 和细胞组分

(Cellular Component)

1

。

2.1 序列比对（BLAST）

我们利用本地化序列比对软件NCBI BLAST+（ncbi-blast-2.2.28+-）将鉴定到的蛋白质与 SwissProt Mammals数

据库中的蛋白质序列进行比对。根据相似性原理，所得的同源蛋白的功能信息可以用于目标蛋白的功能注释。我们仅保留排名前

10条且E-value ≤ 1

e-

3的比对序列进行后续的分析（表中sheet TopBlastHits）。所得的比对相似性范围为36-

100% ，其中大部分目标蛋白序列的比对相似性为90% 或以上（图1）。

图1 序列比对相似性分布

2.2 GO功能条目提取（Mapping）

BlastGO

2

是一个用于基因/蛋白质功能注释和数据分析的应用软件。我们利用Blast2GO（Version 2.7.1）中的Mapping功能

对所有鉴定成功的蛋白的比对序列所关联的GO功能条目进行提取，共提取到与其中692个鉴定成功的蛋白序列（99.6%）相

关的21,078条GO功能条目。

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